CrAss-like phage are a bacteriophage (virus that infects bacteria) family that was discovered in 2014 by cross assembling reads in human fecal metagenomes. In silico comparative genomics and taxonomic analysis have found that crAss-like phages represent a highly abundant and diverse family of viruses. CrAss-like phage were predicted to infect bacteria of the Bacteroidota phylum and the prediction was later confirmed when the first crAss-like phage (crAss001) was isolated on a Bacteroidota host (B. intestinalis) in 2018. The presence of crAss-like phage in the human gut microbiota is not yet associated with any health condition.
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| label
| - CrAssphage
- CrAss-fago
- CrAssphage
- Crassvirales
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| comment
| - CrAssphage est un bactériophage que l'on retrouve communément dans les échantillons de selles humaines. Le génome circulaire du virus contient environ 97 000 paires de bases et possèderait 80 cadres de lecture ouverts (en anglais open reading frames ou ORF). Les hôtes probables du virus semblent être les bactéries du genre Bacteroides. Près de la moitié des êtres humains pourraient être porteurs du virus dans leurs intestins. Le virus porte le nom du logiciel crAss (cross-assembly) qui a permis l'identification de son génome. L'isolement du bactériophage et sa mise en culture n'ont fait l'objet d'aucune publication à ce jour.
- El CrAss-fago es un fago de ensamblaje cruzado (del inglés, CrAssphage, Cross-Assembly phage), es un bacteriófago (virus que infecta exclusivamente a organismos procariotas como las bacterias) descubierto en 2014 mediante análisis computacional de datos científicos de acceso público sobre metagenomas fecales humanos (metagenómica). Su genoma circular de ADN tiene un tamaño en torno a 97 kbp y contiene 80 marcos de lectura abierta predichos, y la secuencia se encuentra comúnmente en muestras fecales humanas. En el momento del descubrimiento, se predijo que el virus infectaría las bacterias del filo Bacteroidetes que son comunes en el tracto intestinal de muchos animales, incluidos los humanos. Desde entonces, el bacteriófago ha sido aislado in vitro y se ha confirmado que infecta a las B
- CrAss-like phage are a bacteriophage (virus that infects bacteria) family that was discovered in 2014 by cross assembling reads in human fecal metagenomes. In silico comparative genomics and taxonomic analysis have found that crAss-like phages represent a highly abundant and diverse family of viruses. CrAss-like phage were predicted to infect bacteria of the Bacteroidota phylum and the prediction was later confirmed when the first crAss-like phage (crAss001) was isolated on a Bacteroidota host (B. intestinalis) in 2018. The presence of crAss-like phage in the human gut microbiota is not yet associated with any health condition.
- Crassvirales (früher auch crAss-like phages, crAss-like viruses, deutsch etwa crAss-ähnliche Phagen oder kurz crAssphagen genannt) ist die Bezeichnung für eine Ordnung von Bakteriophagen (Viren, die Bakterien infizieren). Der erste Vertreter und Prototyp (mit aktueller Bezeichnung Carjivirus communis, früher Carjivirus crAssphage) wurde 2014 durch rechnergestützte Analyse öffentlich zugänglicher wissenschaftlicher Daten zu Genomen im menschlichen Stuhl entdeckt.Phylums (Abteilung) Bacteroidetes infizieren, wie sie im Darmtrakt vieler Tiere, einschließlich des Menschen, häufig vorkommen.Als nach diesen ersten Metagenomik-Ergebnissen der erste Vertreter dieser Gruppe in vitro isoliert wurde, konnte auch bestätigt werden, dass dieser Bacteroides intestinalis infiziert.Dieser erste kultivierte
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| - CrAssphage est un bactériophage que l'on retrouve communément dans les échantillons de selles humaines. Le génome circulaire du virus contient environ 97 000 paires de bases et possèderait 80 cadres de lecture ouverts (en anglais open reading frames ou ORF). Les hôtes probables du virus semblent être les bactéries du genre Bacteroides. Près de la moitié des êtres humains pourraient être porteurs du virus dans leurs intestins. Le virus porte le nom du logiciel crAss (cross-assembly) qui a permis l'identification de son génome. L'isolement du bactériophage et sa mise en culture n'ont fait l'objet d'aucune publication à ce jour.
- Crassvirales (früher auch crAss-like phages, crAss-like viruses, deutsch etwa crAss-ähnliche Phagen oder kurz crAssphagen genannt) ist die Bezeichnung für eine Ordnung von Bakteriophagen (Viren, die Bakterien infizieren). Der erste Vertreter und Prototyp (mit aktueller Bezeichnung Carjivirus communis, früher Carjivirus crAssphage) wurde 2014 durch rechnergestützte Analyse öffentlich zugänglicher wissenschaftlicher Daten zu Genomen im menschlichen Stuhl entdeckt.Phylums (Abteilung) Bacteroidetes infizieren, wie sie im Darmtrakt vieler Tiere, einschließlich des Menschen, häufig vorkommen.Als nach diesen ersten Metagenomik-Ergebnissen der erste Vertreter dieser Gruppe in vitro isoliert wurde, konnte auch bestätigt werden, dass dieser Bacteroides intestinalis infiziert.Dieser erste kultivierte Vertreter (Bacteroides-Phage crAss001, ΦcrAss001, Familie Steigviridae) hat eine Podoviren-Morphologie, aber im Gegensatz zu den damals bekannten Podoviren kein lineares, sondern ein zirkuläres Doppelstrang-DNA-Genom mit einer Größe von etwa 97 kbp (Kilo-Basenpaaren) und enthält nach Vorhersage 80 offene Leserahmen (englisch Open reading Frames, ORFs).Derartige Sequenzen sind häufig in menschlichen Stuhlproben zu finden. Weitere Vertreter der Gruppe infizieren Bacteroidetes-Bakterien der Gattungen ([en], Bacteroidales), ([en], Flavobacteriales) und Flavobacterium (Flavobacteriales). Solange noch keine weiteren Vertreter kultiviert werden, lassen sich noch keine sicheren Aussagen über deren Morphologie machen. Basierend auf der Analyse von Metagenomdaten wurden bei etwa der Hälfte aller untersuchten Menschen crAssphagen-Sequenzen identifiziert.Das Virus bzw. die Ordnung wurde nach der Software crAss (cross-assembly) benannt, mit der das virale Genom gefunden wurde.Damit sind die crAssphagen möglicherweise die ersten Organismen, die zu Werbezwecken nach einem Computerprogramm benannt wurde. Im März 2021 wurde vorgeschlagen, die bisherige monotypische Ordnung Caudovirales im Phylum Caudoviricetes aufzulösen und die Klade der crAssphagen selbst in den Rang einer Ordnung Crassvirales mit (damals) sechs Familien zu erheben. Dem Vorschlag folgte das International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) im März/April 2022. Diese Ordnung von Bakterienviren ist wohl zu unterscheiden vom Phylum Cressdnaviricota der CRESS-DNA-Viren mit einem zirkulären Einzelstrang-DNA-Genom, deren Wirte Eukaryoten (möglicherweise auch Archaeen) sind.
- CrAss-like phage are a bacteriophage (virus that infects bacteria) family that was discovered in 2014 by cross assembling reads in human fecal metagenomes. In silico comparative genomics and taxonomic analysis have found that crAss-like phages represent a highly abundant and diverse family of viruses. CrAss-like phage were predicted to infect bacteria of the Bacteroidota phylum and the prediction was later confirmed when the first crAss-like phage (crAss001) was isolated on a Bacteroidota host (B. intestinalis) in 2018. The presence of crAss-like phage in the human gut microbiota is not yet associated with any health condition.
- El CrAss-fago es un fago de ensamblaje cruzado (del inglés, CrAssphage, Cross-Assembly phage), es un bacteriófago (virus que infecta exclusivamente a organismos procariotas como las bacterias) descubierto en 2014 mediante análisis computacional de datos científicos de acceso público sobre metagenomas fecales humanos (metagenómica). Su genoma circular de ADN tiene un tamaño en torno a 97 kbp y contiene 80 marcos de lectura abierta predichos, y la secuencia se encuentra comúnmente en muestras fecales humanas. En el momento del descubrimiento, se predijo que el virus infectaría las bacterias del filo Bacteroidetes que son comunes en el tracto intestinal de muchos animales, incluidos los humanos. Desde entonces, el bacteriófago ha sido aislado in vitro y se ha confirmado que infecta a las Bacteroides intestinalis (cuyo género, Bacteroides, pertenece a dicho filo). Según el análisis de datos metagenómicos, se han identificado secuencias de crAss-fago en aproximadamente la mitad de todos los humanos muestreados. El virus recibió el nombre del software crAss (cross-assembly) que se utilizó para encontrar el genoma viral. El crAss-fago es posiblemente el primer organismo que lleva el nombre de un programa de ordenador con fines promocionales. Si bien el crAss-fago no tenía parientes conocidos cuando fue descubierto en 2014, se descubrió una variedad de virus relacionados en 2017. En base a la pantalla de secuencias relacionadas en bases de datos públicas de nucleótidos y análisis filogenético, se concluyó que el crAss-fago podría ser parte de una familia de bacteriófagos en expansión (la familia , de la clase Caudoviricetes) que se encuentra en una variedad de entornos que incluyen el intestino y las heces humanas, el intestino de las termitas, los ambientes terrestres y subterráneos, los lagos alcalinos (hipersalinos), y aquellos entornos de lagos con sedimentos marinos, y raíces de plantas. No hay indicios de que el crAss-fago esté involucrado en la salud o la enfermedad humana, pero puede superar a las bacterias indicadoras como marcador de la contaminación fecal humana. Las bacterias indicadoras son unos tipos de bacterias empleados en la detección y valoración del nivel de contaminación de las aguas, no entrañan riesgo alguno para la salud humana pero al igual que este virus, sirven para indicar la presencia de un riesgo para la salud.
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